Сюжет манги и сериала начинается с момента, когда одна из клеймор по имени Клэр приходит в небольшой городок с заданием ликвидировать ёма. Там с ней знакомится Лаки — мальчик, родителей которого убил ёма. Лаки высказывает Клэр своё дружелюбие и надежду, что она сможет отомстить за его родителей. Клеймор, чувствуя от мальчика запах ёма, решает проследить за ним; так она находит и убивает оборотня, скрывавшегося под обликом погибшего (как оказалось) брата Лаки. После этого Лаки остаётся совершенно один и его выгоняют из городка — это судьба всех детей, чьи родственники были сожраны ёма. Он решает последовать за Клэр, в которой видит не монстра, как остальные люди, а воительницу, отомстившую за смерть его близких, и просто прекрасную девушку. Так начинаются странствования клеймор и человека.
Сюжет манги достаточно нестандартен. В первых сериях история представляется в виде обычной и непримечательной саги, виданной сотни раз; но все радикально меняется уже в 6-8 сериях, когда рассказывается про прошлое Клэр. Потому многих, кто не досматривает сериал до этого момента, удивляет его примитивность, что совсем не так.
Клэр Девушка-клеймор, сражающаяся с ёма и с собственной жаждой пробудиться. В отличие от других клеймор, Клэр — не полу-ёма, а, если можно так сказать, «на четверть ёма». Когда она была ещё маленькой девочкой, ёма убил и съел её семью, а сама она была изгнана из города. Оказавшись вне городских стен, Клэр была схвачена другим ёма, который использовал её как часть своего маскарада и как свою игрушку, периодически подвергая истязаниям. Клеймор по имени Тереза убила ёма, мучившего Клэр, и девочка, которой некуда было деться, последовала за Терезой. Когда Тереза погибла, Клэр попросила посланника Организации сделать её клеймор, введя в её тело кровь и плоть Терезы, и Организация, заинтересованная результатами такого эксперимента, выполнила просьбу девочки. Клэр — одна из самых слабых бойцов Организации, но в острых ситуациях её сила может неожиданно резко возрасти. Кроме того, она оказалась одной из немногих клеймор, сумевших вернуться в нормальное, человеческое состояние после Пробуждения. По манге после боёв за Пиэту вместе с шестью уцелевшими соратницами дезертировала из Организации и семь лет скрывалась на севере. После этого начинается новая, не отражённая в сериале арка манги.
Лаки : Подросток, спутник и друг Клэр. Когда на деревню Лаки напали ёма один из них вселился в старшего брата Лаки. Клэр победила Ёма, после чего мальчик был изгнан из селения и оставлен на произвол судьбы. Клэр вспомнила, как её саму когда-то выгнали из селения, и позволила Лаки остаться её спутником на правах походного повара, надеясь оставить его в ближайшем городе. Но вскоре клеймор привязалась к нему, и Лаки остался с Клэр. Лаки заботится о Клэр и однажды помогает ей избежать Пробуждения. Он очень переживает из-за своей слабости, которая не позволяет ему по-настоящему защищать Клэр, и учится искусству владения мечом. В середине сюжета пути Лаки и Клэр расходятся, они встречаются лишь в финале аниме. В манге эта встреча не произошла до сих пор. В ней Лаки до окончания боев доехать до Пиэты не успел и поэтому остался с пробудившимися Ишли и Присциллой, с которыми жил семьёй 7 лет. У них он и вырос. Ишли обучил паренька фехтованию, Присцилла души в нём не чаяла настолько, что все эти годы не ела людей. После этого начинается новая, не отражённая в сериале арка манги. В ней повзрослевший Лаки — сильный, уверенный в себе парень, который может, не будучи клеймором, на равных биться с ёмой.
Тереза - Робкая улыбка — №1 в 77 классе, "Самая могущественная женщина.. нет, самое могущественное чудовище..." - Слова ее распорядителя. Тереза самая сильная и жестокая Клэймор предыдущего поколения, свое прозвище получила за то, что легко убивала ёма, даже не используя свою ёки. Ничто не искажало ее лицо с милой улыбкой. Но один случай полностью изменил жизнь Терезы. Выполнив заказ в одном из селений, она повстречала маленькую девочку по имени Клэр. Ёма использовал Клэр, как прикрытие и мучал ее для собственного удовольствия. От психологической травмы Клэр потеряла способность говорить. Клэр увидела в Терезе отражение себя: измученную душу, жаждущую понимания и любви. После одного случая Клэр заговорила, и Тереза поняла, почему на самом деле Клэр последовала за ней. Тереза хотела остаться с Клэр, но решила оставить её в людском селении, чтобы она прожила человеческую жизнь. Но случилось страшное, банда разбойников только и ждала момента, когда это селение будет свободно от ёма, и напала на него, убивая мужчин и насилуя женщин. Поняв, что уничтожением ёма она открыла путь разбойникам, Тереза ринулась на помощь. В селении она увидела, Клэр схваченную разбойником, досаждавшим ей ранее. Тереза освободила Клэр, убив разбойника, схватившего её. Она жестоко расправилась со всей бандой, не оставив никого в живых, нарушив тем самым одно из правил организации — не убивать людей. Она должна была быть подвергнута казни, которую осуществляли другие Клеймор. Но Тереза твердо решила, что она нужна маленькой Клэр. Без труда победив своих палачей, она забрала свою девочку и решила уйти из организации и жить ради Клэр. Затем на неё была объявлена охота: за ней были посланы лучшие Клеймор от №2 до №5. Присцилла, Ирэн, Ноэль и София атаковали Терезу, используя все доступные им способности, но оказались сражены. Однако Присцилла не смогла справиться с собой и, высвободив черезмерное количество ёки, последовала за Терезой. Её извращенное чувство справедливости заставило её считать Терезу виновной во всех приписываемых ей пригрешениях. Вступив в бой с ней, она переступила грань, когда полуёма еще может вернуться в свою "нормальную" форму. Будучи побежденной и понимая, что не сможет более сохранить человечность, она попросила Терезу убить её. Но пока та сожалела о гибели столь юной девушки, Присцилла успела окончательно перейти черту. Обезглавив Терезу, Присцилла Пробудилась, и, убив Ноэль и Софию, и искалечив Ирэн, она превратилась в однорогое крылатое чудовище. Говоря о том, как она жаждет человеческих внутренностей, она прошла мимо Клэр, будто та даже не отразилась в её глазах. Клэр в отчаянии, взяв в руки отрубленную голову Терезы, отправилась к ближайшему распорядителю организации, чтобы попросить поместить плоть и кровь Терезы в её тело, таким образом сделав её Клеймор. Тереза умерла, но оставалась жить в сердце Клэр.
Ирэн (яп. イレーネ Ирэ:нэ?) — №3, класс 77, атакующий тип. До того как Присцилла вступила в организацию, была №2. Её способность — проведение множества молниеносных атак мечом, благодаря чему она получила прозвище «Ирэн - Быстрый Меч». Огромной скорости она добивается, направляя всю свою ёки в руку, держащую меч, фактически пробуждая её. Ирэн всегда спокойна и рассудительна.
Во время миссии по уничтожению Терезы она была атакована пробудившейся Присциллой и лишилась левой руки. Позволив организации думать, что она мертва, Ирэн, подавляя свою ёки, спряталась в горах. Годы спустя она спасла Клэр, сражавшуюся с Офелией. Клэр узнала её, и Ирэн решила научить Клэр Быстрому Мечу. Когда Клэр стала преуспевать в освоении техники Быстрого Меча, Ирэн отрезала собственную правую руку и отдала Клэр, в замен той, что та потеряла в битве с Офелией.
Вскоре, после того как Клэр ушла от Ирэн, она столкнулась с Рафаэллой, которую послали убить её, как предателя. Хоть Ирэн и прятала свою ёки достаточно долго, но тренируя Клэр, она высвобождала потоки энергии, из-за чего организация смогла ее обнаружить. Ирэн, скорее всего, была убита Рафаэллой, тем не менее, официально это не подтверждено.
В англоязычной версии манги от VIZ (Shonen Jump Advanced), имя "Ирэн" было изменено на "Илена" ("Ilena").
София — №4 класс 77. София соперничала с Ноэль за 3 ранг, но силы были равными, хоть стили боя сильно различались. София отличалась большой силой, за что в организации ее называли Мускулистая София. София была очень воспитанной и вежливой, но только не в разговоре со своей соперницей — Ноэль. София вместе с Ноэль, Ирен и Присциллой были посланы убить Терезу. После сражения с Терезой София была убита пробудившейся Присциллой.
